Por defecto, aunque el driver del mando es dual, retropie solo reconoce un mando. Para que reconozca los 2, tenemos que hacer lo siguiente
Añadir lo siguiente al final de la primera linea /boot/cmdline.txt simplemente añadir un espacio, y escribir lo siguiente en la misma linea.
usbhid.quirks=0x16c0:0x05e1:0x040